論文大致上有五、六章。

第一章是Introduction，這一章通常只佔論文整體篇幅的十分之一，卻是最關鍵的一章；它就像一個物品的包裝一樣，即使結果再好，但包裝差，也會讓整篇論文頓時失色。在國際會議論文的審稿過程中，很多委員往往僅從Introduction中評斷論文是否值得接受。Introduction要如何寫好是需要一些天份與努力的，基本上它就像在寫作文一樣，要有強而有力的開頭，在前一、二段就能帶領讀者進入你要研究的領域。

接下來的幾個段落，你必須替讀者建立足夠的background，讓他們了解你論文的研究背景。Background建立好之後，你必須點出整個研究的動機，這是最關鍵的地方，動機不足，無法顯示你研究的重要性，變成無病呻吟，甚至連呻吟的聲音都聽不到，不曉得你到底要做什麼。

動機點出來之後，通常就會說明你的研究成果及主要貢獻，也就是論文的價值之所在。在Proposal階段，這部分會以預期的方式來呈現。最後，你會花一段文字來說明整個論文的架構，並做為第一章的總結。

除了動機要強之外，第一章一般比較容易犯的毛病是研究背景給的不充分，以及與研究動機沒有連貫性，研究背景漫無邊際的討論，然後“天外飛來”你的研究動機。切記一點，寫研究論文邏輯一定要清晰，整個章節的構思邏輯是什麼、為何這個句子要承接上個段句子、這個段落要承接上個段落等等，一定要清楚的思考過。許多論文的敗筆在於論文東一段、西一段，段落之間沒有邏輯關聯，讓論文整體雜亂無章。如何避免這樣的問題，如果你沒有天份的話，只好靠後天的努力：對於論文返覆的讀取，不厭其煩的思考句子、段落之間是否有邏輯上的問題。我個人的經驗是，我自己寫過的文章，每讀一次都有新的體會與修正。一篇論文寫完之後，我都會再從頭到尾讀一次，修改到我最近一次讀過後沒有新的修正為止。這樣通常會經歷四、五回合以上。我最不喜歡見到的是學生論文寫完之後，從頭到尾連一次都沒看過就送給我，裡面錯誤百出，甚至連基本的連結 (cross reference)都錯，好像要我幫他校稿一樣。你們有些人也有這樣的毛病，這樣的毛病不改是做不好學問的。以後我看到這樣的論文馬上就退。我以前念書的時候跟指導教授meeting討論論文時總是戰戰兢兢，在給他看我的論文時我自己會來回看好多次，深怕犯一些明顯的文法或邏輯錯誤，或他曾經指正過我的錯誤，我也藉此訓練出比較獨立的研究能力。這裡我感覺大多數的學生都比較缺乏獨立的研究能力，有些則完全依賴指導教授替他修改論文，甚至覺得理所當然，這是相當不正確的研究態度。

第二章是文獻探討。在寫這章前一定要仔細思考你要探討哪些相關文獻，這些相關文獻如何分門別類，然後在第二張開頭以約一頁的篇幅描述你要survey的內容、範圍與架構。當然，你得提供充分的理由說明為何你要做這樣的組織分類。文獻探討要做的好是一門學問，它並不是把一些相關的文獻看過，然後對每個文獻作摘要即可。把相關文獻做一個有系統的分類，本身就是一種貢獻。一般而言，每個研究領域都可以拉的很廣，你在有限的空間內不可能全部涉獵，因此，你得設定一適當的焦距，決定文獻探討的領域範圍。

在你設定的範圍內一定有許多文獻要探討，你得將這些文獻分門別類，每一類別選定一個最具代表性的文獻做這個類別的開端。接下來你得摘要這篇文獻的主要內容與貢獻，並且用比較簡單淺顯的方式讓讀者了解關鍵的技術。一般而言，這篇代表性的文獻後續多少有些follow-up繼續改進前人的結果。這時你大致不需要針對每個follow-up做仔細討論，只要用一、二句話摘要出每個follow-up改進之處即可。把比較重要的follow-up說明之後，你應該以一段話做為這個類別的結論。這一段話必須評論目前在這類別的研究成果大致為何，還有那些不足的地方，以及與你的研究有何關聯(如你會採用那些既有的技術，你的研究方法或成果與它們有何差異，你的研究對這個領域的貢獻為何)。

很多人的文獻探討只摘要了別人的成果，卻少了最後這一段，無法讓人了解你的survey與你的研究議題有何關聯，也不曉得你對前人的成果看法為何。另外一個比較常見的問題就是survey不深入犀利，講得都是很表面得東西，讓人家覺得看你的survey對這領域一點幫助都沒有。
對每個類別survey完之後你必須對這整個章節做一個結論。在這個總結裏，你必須匯整出這個領域裏目前的研究進展，還有那些不足的地方，並且從此支持你在第一章提到的研究動機，以承接下一章節。

第三章基本上是要描述你的研究議題與方法。你必須清楚的描述及定義你的問題。有些時候，問題與定義會牽涉到你的系統或演算法所植基於的model，因此你也必須定義你用的系統model為何，有那些假設的前題。接下來就是說明你的研究方法，所須的定義與所用的核心技術。接下來就是提出你對問題的解決方案，並分析討論它的優劣。在proposal的階段基本上不必具體的提出解決方法，只要討論你大致將採行的措施即可。但即使如此，在proposal的階段這一章也不能馬虎的做表面的探討。一定要具一定的深度，才可以讓committee 的成員相信你對於你的研究議題有足夠的了解。這一章寫深入，你未來修改甚至更換研究題目的機率就低。

第四章通常是對於你在第三章提出的問題解決方案做一實證，如系統模擬，比較你的方法效能為何、與既有的方法有何差異。
第五章就是對論文做一結論，在這裡你必須重覆你整個研究的動機，再敘述你的成果，然後說明你的研究價值與貢獻。每項研究總有不盡完美之處，你的大概也不例外。因此，接下來你就要討論你的研究成果或系統還有那些可以改進之處，據此引出未來研究方向。
第四、五章在proposal階段是不必要有的。另外，根據研究議題的差異與研究成果的大小，有些論文(特別是博士論文)在討論其研究成果時會分成兩個以上的章節來說明，因此論文總體而言會有五章以上。

論文最後必須附上參考文獻。這是大多數人最容易忽略的地方。因此，研究態度嚴不嚴謹也很容易從這個地方看出。我已經告訴過你們參考文獻要如何編排，應該會有那些欄位。你們要確實且詳盡的去建立每筆參考文獻。另外，參考文獻的數目應該要適中。碩士論文我認為應該在30筆到40筆之間。博士論文可能多達四、五十筆以上。但也不要過度誇大，把許多不相干的都放進來。當然，這些數目都不是絕對的，它會隨研究領域和議題有所差異。